Pojmowany jako szybujący symbol amerykańskich ideałów z czasów, kiedy USA stawały się światową potęgą, Columbia zostaje wyprawiona w odległą podróż do dalekich wybrzeży, przy udziale licznie zgromadzonej audiencji. Co z początku jawi się jako początek nowej nadziei, okazuje się wielkim rozczarowaniem, wraz z nagłym zaginięciem miasta wysoko w chmurach...
Gracze przejmują kontrolę nad byłym agentem organizacji Pinkerton, Bookerem DeWittem, wysłanym do zaginionego miasta w celu odnalezienia i uratowania Elizabeth, młodej kobiety uwięzionej w Columbii od dzieciństwa. Jego związek z...